《本草綱目》的編寫所參考書籍甚多。據(jù)有人統(tǒng)計(jì)他所引據(jù)的典籍758種，精讀的“子史經(jīng)傳聲韻農(nóng)圃，醫(yī)卜星相，樂府諸家”近800多種，時(shí)珍先后讀過《素問》、《靈樞》、《難經(jīng)》、《甲乙經(jīng)》、《東垣試效方》等古代醫(yī)書277家;本草學(xué)名著84家，引據(jù)《說文解字》(許慎)，《字說》(王安石)，《名苑》(司馬光)等古今經(jīng)史440家;轉(zhuǎn)引《易經(jīng)注疏》等共151家。正如《本草綱目》自序中所載：“漁獵群書，搜羅百氏”。
李時(shí)珍為明確藥物產(chǎn)地、形態(tài)等，他不畏艱苦親自到各地采訪，搜集各種物標(biāo)本。從公元1552年開始編寫，時(shí)年35歲，并動(dòng)員全家人，包括四個(gè)兒子，四個(gè)孫子，以及他的學(xué)生弟子，都參與編寫與校訂。經(jīng)過27年的努力，于1578年完成這一部190多萬字的巨著初稿，后又經(jīng)過十年做了三次修改和重編，前后總計(jì)40多年，于公元1596年(明萬歷二十四年)時(shí)珍過世后三年出版。
《本草綱目》是以唐慎微的《證類本草》為藍(lán)本，并吸收了《神農(nóng)本草經(jīng)》、《名醫(yī)別錄》、《唐本草》等有關(guān)著作的成就，結(jié)合自己的經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行加工、整理而成的一部藥物學(xué)巨著。書中對(duì)每種藥物的產(chǎn)地、性味、形態(tài)、采集方法、炮制過程、藥理研究、方劑配合都詳加敘述。特別是在藥物分類方面，采用析族、區(qū)類、振綱、分目的方法，從無機(jī)到有機(jī)，從低等到高等，順序是：水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、蟲、鱗、介、禽、獸、人部等16部，每部又分若干類，共62類。這種以綱摯目，綱舉目張的分類方法，在當(dāng)時(shí)世界上是進(jìn)步的。書中的植物分類法，對(duì)植物學(xué)的研究工作有很大貢獻(xiàn)，比西方植物分類學(xué)創(chuàng)造人瑞典的博物學(xué)家林奈的《自然系統(tǒng)》(1735)提出的植物分類法早157年。
《本草綱目》書中已有進(jìn)化論思想，它關(guān)于動(dòng)物的分類，是按照由低級(jí)到高級(jí)的進(jìn)化順序排列的。李時(shí)珍已認(rèn)識(shí)到生物對(duì)環(huán)境的適應(yīng)性，提出某些動(dòng)物“毛協(xié)四時(shí)，色合五方”。同時(shí)，已知利用生物適應(yīng)環(huán)境的特性，進(jìn)行人工飼養(yǎng)和改良品種。李時(shí)珍又觀察到動(dòng)物的相關(guān)變異和突然變異現(xiàn)象，如烏骨雞的骨、舌皆黑，飼養(yǎng)金魚的顏色可以突然變化等。達(dá)爾文在其著作中曾引用《本草綱目》的資料。
《本草綱目》共52卷，載藥1892種，其中374種為新增藥物，有植物1094種，動(dòng)物性藥物443種，礦物性藥物355種。附方11096首，插圖1160幅。書中還十分重視藥理的研究。對(duì)一些藥物的確實(shí)療效重新作出結(jié)論，如指出土茯芩治梅毒，延胡索可止痛，常山有截瘧作用，使君子，鶴虱，雷丸有殺蟲作用等。同時(shí)書中還批判了一些不合理的傳說，如以往記載服食水銀、雄黃可以成仙，服食“金丹”可以長生不老，李氏不僅從理論上加以否定，而且指出服食的危害性。又如對(duì)“草子變魚”，“馬精入地變?yōu)殒i陽”等說法，經(jīng)過實(shí)際觀察，都加以改正，指出魚是魚子所化，鎖陽是一種植物。
李時(shí)珍在書中糾正了前人本草書中的某些錯(cuò)誤。如把一藥誤認(rèn)二物的南星，虎掌作了更正;把誤為蘭草的，正為蘭花;把誤為百合的正為卷丹;天花粉、括萎本是一種植物的塊根和果實(shí)，過去卻繪成兩種不同的植物，對(duì)此進(jìn)行了糾正;把誤列為草類的生姜、薯蕷，重新分入菜類?！侗静菥V目》還對(duì)無機(jī)藥物的化學(xué)性質(zhì)以及蒸餾、升發(fā)、沉淀、燒灼等技術(shù)作了闡述。
《本草綱目》書成后不久，于1590年由金陵胡承龍刻印，由王世貞作序，在1596年正式出版而刊行。這是本書的早刻本?，F(xiàn)在上海圖書館藏有此書，其后此書屢行再版。如公元1603年《本草綱目》又在江西由夏良心、張鼎思重刻。1655年(清順治十二年)錢塘的吳毓昌重新復(fù)印。《本草綱目》至今在國內(nèi)有30多種刻本。
《本草綱目》不僅在國內(nèi)有深遠(yuǎn)的影響，而且在國際上也有較大的影響。公元1606年時(shí)，《本草綱目》即由日本學(xué)者林道春首先傳入日本，1637年日本的翻印本出版。1783年又有由日本小野蘭山譯為《本草綱目譯說》附注解的日譯本出版。1929年日本人白井光太朗按照金陵版，翻譯為《國譯本草綱目》十五冊(cè)。本書的問世引起了日本醫(yī)藥界的震動(dòng)，對(duì)于日本植物學(xué)和藥物學(xué)的研究，產(chǎn)生了巨大的影響。在日本有關(guān)研究'本草綱目'的書就有九種之多，并且編寫了許多配圖本和袖珍本。一直到今天在日本對(duì)于《本草綱目》仍視為珍寶。1647年波蘭人卜彌格將《本草綱目》譯為《中國植物志》于1657年以拉丁文出版。1735年在法國巴黎出版的《中國史地年事政治紀(jì)錄》中有法文的《本草綱目》數(shù)卷，在英國也有兩種《本草綱目》英語全譯本流行。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，《本草綱目》在世界上有拉丁文、法文、德文、英文、日文、俄文、西班牙文、朝鮮文等八種文字的譯本流傳。被譽(yù)之為'東方醫(yī)學(xué)巨典'。英國生物學(xué)家、進(jìn)化論的創(chuàng)始人達(dá)爾文在《人類的由來》一書中，還徑直把它稱為“中國古代的百科全書”。
《本草綱目》是一部劃時(shí)代的科學(xué)巨著，是我國十六世紀(jì)以前本草學(xué)的全面總結(jié)，它集中反映了我國醫(yī)藥學(xué)家和勞動(dòng)人民的卓越智慧，是我國科技史上極其輝煌的碩果，是醫(yī)學(xué)寶庫中一份極其珍貴的遺產(chǎn)。
