原發(fā)性腦干損傷的后遺癥有創(chuàng)傷性頭痛、偏癱、失語等，具體如下：

1、創(chuàng)傷性頭痛

原發(fā)性腦干損傷發(fā)生后，腦內局部組織可能會發(fā)生水腫、挫裂傷等情況，若腦內神經(jīng)受到水腫的壓迫，或被直接損傷，則有可能會引起創(chuàng)傷性頭痛。

2、偏癱

椎體束是腦內運動神經(jīng)的傳出纖維，若原發(fā)性腦干損傷導致椎體束受損，則有可能會導致患者一側肢體癱瘓。

3、失語

若原發(fā)性腦干損傷發(fā)生時，損傷到患者的語言中樞，則有可能會造成失語的情況發(fā)生。