扁平疣激光治療后留下凹坑是一種常見的不良反應，可以通過以下方法進行處理：

1.保持局部清潔

激光治療后，保持局部清潔，避免感染。

2.使用抗瘢痕藥物

如硅膠瘢痕貼、瘢痕敵等，可以預防瘢痕增生。

3.使用促進皮膚修復的藥物

如生長因子、膠原蛋白等，可以促進皮膚修復。

4.注意防曬

激光治療后，皮膚比較脆弱，容易曬傷，需要注意防曬。

5.飲食調(diào)整

多進食富含維生素C、E和膠原蛋白的食物，如水果、蔬菜、堅果等，可以促進皮膚修復。