肝膽結石的形成和環(huán)境、遺傳、寄生蟲感染、飲食、膽管先天發(fā)育異常、膽紅素代謝紊亂等多因素相關。

在我國，肝膽結石的發(fā)病存在地域差異，北方地區(qū)的膽囊結石和膽固醇性結石較多，南方地區(qū)的肝內(nèi)外膽管結石和膽色素結石較多，膽道內(nèi)寄生蟲、膽道反復感染、膽管先天發(fā)育異常會增加原發(fā)性膽管結石的發(fā)生，部分患者結石反復出現(xiàn)。

而肥胖、高脂肪飲食則和膽固醇結石的形成有一定相關，女性患者的結石發(fā)病率相對較高，如果膽囊結石掉入膽管則形成繼發(fā)性膽管結石。

合并慢性肝病，既往做過胃腸道手術的人群也容易出現(xiàn)肝膽結石。