肛周尖銳濕疣可以使用藥物進行治療，常用的藥物有0.5%鬼臼毒素酊、5%咪喹莫特霜、二氯醋酸等，這些藥物具有一定的刺激性，可以清除局部的病損組織，但是藥物具有一定的刺激性，如果出現(xiàn)異常不適的癥狀，需要及時停藥。還可以通過激光治療，臨床常用的為CO2激光，可以燒灼病變的部位，但是部分大面積的患者，可能需要2～3次治療。此外可以通過光動力學療法治療，清除肉眼可見的疣體，而且可以清除潛伏感染的組織。