在臨床上，胃腸外科多以手術(shù)治療為主，藥物治療為輔，對于胃腸道腫瘤等進行手術(shù)治療。消化內(nèi)科以藥物治療為主，其不僅治療胃腸道疾病，還治療肝膽功能病變等情況，治療范圍相對較廣。

胃腸外科主要是診治胃病和腸道疾病，而消化內(nèi)科包括臟器的范圍更廣，涵蓋了消化系統(tǒng)所有的臟器如食道、胃、腸道、肝、膽、脾臟、胰腺等臟器，胃腸外科主要是胃病和食道疾病及腸道疾病和肛門疾病，外科是需要手術(shù)治療的疾病，內(nèi)科則是以藥物治療為主，但是也有內(nèi)鏡下手術(shù)治療如胃鏡下胃底和食道靜脈套扎術(shù)等。