目前已證實，至少有兩種病原微生物參與非淋菌性尿道炎的發(fā)病
即沙眼衣原體和解脲支原體
也發(fā)現(xiàn)其他一些微生物與非淋菌性尿道炎有關(guān)。非淋菌性尿道炎亦可能由一些非性傳播的病因?qū)е隆?/p>
細菌性尿道炎可以繼發(fā)于上泌尿道感染、細菌性前列腺炎、尿道狹窄、包莖及尿道插管等。此外，先天性畸形、化學性刺激、腫瘤和某些過敏因素也可導致尿道炎。全身性疾病如Stevens-Johnson綜合征可能會引起尿道炎。還沒有證據(jù)表明手淫、飲用咖啡、酗酒、某些食物、性行為過少或過頻會引起尿道炎。
人類由沙眼衣原體所致疾病，古人即已發(fā)現(xiàn)。首次從生殖道分離到衣原體則是在1959年，Jones、Collier和Smith，他們從一位新生兒眼炎嬰兒之母的子宮頸發(fā)現(xiàn)沙眼衣原體。1964年，第1次從與結(jié)膜炎有流行病學關(guān)系的男子尿道中發(fā)現(xiàn)衣原體。沙眼衣原體是NGU最常見的病原體，其次是支原體、陰道毛滴蟲、白色念珠菌和單純皰疹病毒等。